口腔糜烂首先与免疫有着很密切的关系。有的患者表现为免疫缺陷，有的患者则表现为自身免疫反应，也就是由于各种因素，使人体正常的免疫系统，对自身组织抗原，产生免疫反应，而引起组织的破坏而发病。其次是与遗传有关系，在临床中，复发性口腔糜烂的发病，有明显的家族遗传倾向，我们常常看到，父母一方或多方若患有复发性口腔糜烂，那么，他们的子女就比一般人更容易患病。另外，复发性口腔糜烂的发作，常常还与一些疾病或症状有关，比如消化系统疾病胃糜烂，十二指肠糜烂，慢性或迁延性肝炎，结肠炎等，另外贫血，偏食，消化不良，腹泻，发热，睡眠不足，过度疲劳，精神紧张，工作压力大、月经周期的改变等等。随着一种或多种因素的活跃、交替、重叠就出现机体免疫力下降，免疫功能紊乱，也就造成了复发性口腔糜烂的频繁发作。另外还跟自身精神情绪有关，特别是阴虚体质者成为该症状的专利。口腔糜烂多为轻微炎症、感染导致的。
还有可能是食物不耐受：食物不耐受指的是一种复杂的变态反应性疾病，人的免疫系统把进入人体内的某种或多种食物当成有害物质，从而针对这些物质产生过度的保护性免疫反应，产生食物特异性IgG抗体，IgG抗体与食物颗粒形成免疫复合物(Ⅲ型变态反应)，可引起所有组织(包括血管)发生炎症反应，并表现为全身各系统的症状与疾病。YORK营养学实验室曾经做过一项研究，他们对个怀疑有食物不耐受的英国人进行了调查研究，有44%的人出现慢性腹泻、腹痛、溃疡、消化不良。
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