是多种因素综合作用的结果。病因复杂，个体之间的差异也很大。
1、遗传因素如果父母双方都存在口腔溃疡，并且还是复发性的，那么其子女在以后的生长发育过程当中，患口腔溃疡的概率将大于50%；若是父母当中只有一人患此病时，遗传子女的几率在30~40％。
2、感染因素当细菌、病*、真菌、寄生虫等病原体侵入人体后，会引起局部组织和全身性炎症，口腔溃疡也可能因为这些原因引发。如血链球菌及幽门螺杆菌等细菌也与口腔溃疡关系密切。
3、免疫因素如果病人长期睡眠不足、锻炼不够或者是长期焦虑等情况，会因免疫力下降，增加患口腔溃疡的几率；有些人平时饮食不规律、偏食等也会导致营养流失，比如缺乏微量元素锌、铁，缺乏叶酸、维生素B12等。营养不良可降低免疫功能，增加口腔溃疡的发病率。由于各种系统性疾病导致的免疫缺陷、免疫力下降，也是口腔溃疡的病因之一。
4、环境因素局部创伤、精神紧张等情况，也可能导致口腔溃疡的发生，特别在人情绪低落或睡眠不足的情况下导致自身的内分泌紊乱，神经功能也会出现调节失常，从而导致口腔溃疡的发生或反复发作。
5、系统性疾病口腔溃疡通常预示着机体可能有潜在的系统性疾病。临床经验及流行病学调查发现，口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、肝炎等各种消化道疾病以及女性经期、维生素B族吸收障碍症、植物神经功能紊乱症等均有关。
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